Na místě dnešního kostela stála starší (dřevěná) kaple, vysvěcená r. 1697. Rozšiřující se kult Jana Nepomuckého si brzy vynutil výstavbu větší kaple, konsistoří však nepovolené, k níž byly, podle protokolu z r. 1709, již zčásti položeny základy. Autorem návrhu na nový kostel byl pravděpodobně Pavel Ignác Bayer. Až po Janově svatořečení vznikl v letech 1730-1738 nový kostel podle projektu K. I. Dientzenhofera. Jednolodní orientovaný kostel je obrácen do ulice. Hlavní průčelí je konvexně vypouklé s dvojicí nakoso přistavěných věží. Nad střední částí je sochařská výzdoba. Ústřední prostor chrámu je tvořen oktogonem s konvexně vystupujícími stěnami, je zaklenut vzdutou klenbou. K hlavní lodi přiléhají oválné prostory vchodu a presbytáře. Presbytář je dále prohlouben o téměř kruhový prostor vlastního závěru. K němu přiléhají po stranách sakristie a depozitář, zaklenuté plackami. Klenbu lodi zdobí freska Karla Kováře z roku 1738, převážná část mobiliáře kostela je jednotná z let 1739-49. Řezby jsou z dílny I. Platzera. Na hlavním oltáři dodatečně umístěna socha sv. Jana Nepomuckého od J. Brokoffa z r. 1682. Hodnotné vybavení interiéru (viz samostatné movité KP). Směrem k ulici je dvojramenné schodiště se sochařskou výzdobou. severně od kostela navazuje zahrada ohraničená architektonicky bohatě ztvárněnou zdí s bránou na severu. Schodiště a ohradní zeď dokončeny kolem r. 1776. Sochařská výzdoba připisována Bernardu Seelingovi. Severní brána do Karlova náměstí vznikla asi krátce před r. 1771 (asi stav. Antonín Schmidt). Bombardováním r. 1945 zničeny některé úseky zdi, obnoveno r. 1946-1947. Sklepní prostory pod kostelem přístupny ze zahrady čp. 1991.