Kostel sv. Jana Nepomuckého se nachází na prostranství vymezeném ulicemi Zborovská, Masarykova a Tyršova. Hlavním – severním – průčelí se objekt přimyká k Masarykově ulici. Kostel je orientován na jih. Jedná se o jednolodní stavbu s transeptem, polygonálním závěrem a trojcípým severním zakončením, nad jehož prostředním cípem se zdvihá věž. Kolmo s západnímu rameni severního závěru kostela vede kovaný plot s podezdívkou a vrátky. Stavebník kostela kníže Johann Adolf Schwarzenberg zadal vypracování projektu architektovi Franzi Beerovi. Přípravné práce na stavbě proběhly v roce 1844. 9. července 1844 začalo kopání základů a 1. května 1845 byl položen základní kámen. (Daniel Kovář, Pavel Koblasa, Město jménem Hluboká. Rudolfov 1997, s. 74.) V červnu roku 1845 udělil kníže souhlas k realizaci Beerova projektu. (Jindřich Vybíral, Století dědiců a zakladatelů, Praha 1999, s. 42.) Stavba pokračovala tak rychle, že již v září 1846 mohly být zavěšeny zvony přenesené ze zámecké kaple. Svěcení kostela provedl 16. května 1847 kardinál Bedřich Schwarzenberg. (Daniel Kovář, Pavel Koblasa, Město jménem Hluboká. Rudolfov 1997, s. 74.) Kostelní zvony: Josef – pořízen r. 1725, váha 840 kg Donát - pořízen r. 1629, váha 335 kg, ulit v Č. Budějovicích, r. 1916 zrekvírován Jan Nepomuk - pořízen r. 1815, váha 225 kg, r. 1916 zrekvírován Václav - 1935 kg, Jan – 460 kg, Maria – 329 kg – zvony ulil českobudějovický zvonař Rudolf Perner, vysvěceny a zavěšeny na věž 12. 5. 1929 – dva z nich zrekvítovány za německé okupace (Daniel Kovář, Pavel Koblasa, Město jménem Hluboká. Rudolfov 1997, s. 74-75.) Od roku 1992 probíhá průběžná oprava kostela. (viz. archiv - spisovna NPÚ Č. Budějovice).